Elle fut de 794 à 1868 la capitale impériale du Japon, sous le nom de Heian-kyō (« Capitale de la paix et de la tranquillité »). Elle est aujourd'hui, avec ses palais impériaux, ses milliers de sanctuaires shinto et de temples bouddhistes, le cœur culturel et religieux du pays.
- Le Ginkaku-ji 銀閣寺 : le « temple du Pavillon d'argent » construit en 1482 par le shogun Ashikaga Yoshimasa, qui voulait rivaliser avec Kinkaku-ji, le pavillon d'or, construit par son grand-père Ashikaga Yoshimitsu. Son intention était de couvrir le pavillon d'argent, mais à cause de l'intensification de la guerre Onin, qui avait éclaté quelques années plus tôt, en 1467, la construction a été arrêtée et le pavillon n'a jamais été couvert d'argent.
- Le Kinkaku-ji 金閣寺 : le « temple du Pavillon d'or ".Très célèbre, inscrit au Patrimoine de l'Unesco et donc extrêmement fréquenté par les visiteurs, il est surnommé le Pavillon d'Or pour ces magnifiques façades recouvertes à la feuille d'or.
Bâti à la fin du XIVe siècle puis brûlé à de nombreuses reprises, dont la dernière fois en 1950, il fut rebâti à l'identique quelques années plus tard (en 1955), puis rénové en 1987. En 1994, il est entré au Patrimoine Mondial de l'Humanité à l'Unesco.
- Ryōan-ji 竜安寺 / 龍安寺 : Le « Temple du repos du dragon ». Construit au XVIe siècle, il fait partie du Patrimoine mondial de l'UNESCO, étant l'un des monuments historiques de l'ancienne Kyoto.
Pour beaucoup, le nom du temple évoque son célèbre jardin de pierres, de style karesansui, qui est considéré comme l’un des chefs-d’œuvre de la culture zen japonaise. Le jardin a été construit à la fin du xve siècle ou au début du xvie siècle, entre 1499 et 1507. Sa superficie est d'environ 200 mètres carrés. Il est entouré au sud et à l'ouest d'un muret couvert d'un toit de tuiles, à l'est d'un autre muret, et au nord d'une véranda en bois derrière laquelle se trouve le hōjō (les appartements du supérieur du monastère).
- Le Ninna-ji 仁和寺 : temple bouddhiste japonais fondé en 888 par l'empereur Uda et faisant partie des monuments historiques de l'ancienne Kyōto inscrits au patrimoine mondial de l'UNESCO depuis 1994.
Détruit pendant la guerre d'Ōnin, le temple fut reconstruit au XVIIe siècle. Il est constitué de plusieurs bâtiments dont un pavillon de thé et une pagode de cinq étages construits dans un vaste jardin avec lac artificiel et plantation de cerisiers nains. Le temple abrite également une vaste collection de peintures, sculptures et calligraphies. Ninna-ji est aujourd'hui le siège de l'école Omuro de la secte shingon ainsi que celui de leur école d'ikebana.
- Myōshin-ji 妙心寺 : L'étendue du site est impressionnante, une ville dans la ville... quarante-sept temples sont jalousement soignés derrières de hautes enceintes.
L'école Myôshin à laquelle ils appartiennent est la plus importante des cinq écoles zen Rinzai. Elle fut fondée ici même par l'empereur HANAZO (1297-1348). Cette école dispose de plus de 3 000 temples à travers tout le Japon ainsi que de dix-neuf monastères. Le premier temple fut fondé en 1342 par le maître Kanzan-Egen Zenji (1277-1360). La plupart des temples furent détruits pendant la guerre d'Ōnin en 1467 mais beaucoup ont été reconstruits depuis.
- Château de Nijō 二条城 : construit en 1603, il se constitue de deux cercles concentriques de fortifications, des palais Ninomaru 二の丸 et Honmaru 本丸, de divers bâtiments de soutien et de plusieurs jardins. Il couvre une surface totale de 275 000 m2 dont environ 8 000 m2 de constructions.
- Kiyomizu-dera 清水寺 : Le Kiyomizu-dera trouve ses origines en 778, célèbre pour sa plateforme, soutenue par des centaines de piliers, à flanc de colline et qui donne une vue impressionnante de Kyoto. Il a été enregistré au patrimoine mondial culturel de l'UNESCO en 1994.
Le temple tient son nom de la chute d'eau qui se trouve à l'intérieur de son enceinte, eau provenant des collines environnantes, kiyoi mizu 清い水 signifiant « eau pure » ou « eau de source ».